张居正的十年新政，其重点在改变文官机构的作风。这一文官制度受各种环境之累็，做事缺乏条理。张居正力图振作，要求过于严厉，以至抗拒横生。在他有生之日，他犹可利用权势压制他的批评者，可是一旦身故，他的心血事业也随之付诸流水。
中枢的管理又被官僚习气所掣肘，这是中央集权很难避免的结果。中央对很多边远县份的实际情形无法直接获知，只能依赖地方官的报告。这种文书从地方送达中枢就常常需要一个月。执笔者铺陈情事，动辄使用自古以来最为华丽的辞藻，可是他们却足不出户，所引用的统计资料é也许已经一百年没有修订过。中枢的大厦坐落在无数含糊暧昧所叠砌的基础之上，于是就必须ี找出自己้的行政管理办法。
补子缀于每个文官的胸前，表明他的等级地位。一品官的补子，图案为ฦ两只仙鹤翱翔于云中；九品官的补子，则是两只鹌鹑，觅食于草丛。
要影响全体文官，申时行必须首先提供自己的诚意。他宁可被目为大和事佬，甚至被批评为牺牲原则ท的政客，但他坚持他调济折衷的原则。他确实看透了国家为解决问题而设立文官，但国家的最大问题也就是文官。而奇怪的是，以张居正的精明练达，竟忽视了这样基本而简单的事实。
公历1587年，时为万历十五年，申时行五十二岁，他已感到未老先衰。几年之前，他即已鬓发苍苍，现在身为首辅，位极人臣，又有张居正前车之鉴，为什么他对一切还要那么เ认真而不听其自然呢?
根据传统习惯，皇帝为ฦ皇太子时即应就读，受傅于翰林院诸学士，称为东宫出阁讲学。登极之后，除继续就读而外，他还要出席另一种形式的讲学，即所谓经筵。经筵于春秋两季气候温和之时举行，每月三次。每次经筵，所有六部尚书、左ุ右都御史、内阁大学士和有爵位的朝臣勋戚都要一体参加，还有给事中、御史多人也在听讲的行列中出现4。
1见《神宗实录》页3398๖，《万历邸抄》卷1้页34๒9所记与《实录》稍有出入。万历并没有举行这次午朝。《大明会典》卷4๒4页1้0所叙万历午朝，实际上是张居正当国时代召集少数大臣在御前询问，和一般的朝会不同。参见《实录》页1้568。
对于张居正及其遗属的处理，在1้583年夏季以前，万历已๐经褫夺了张居正三个ฐ儿子的官职，撤销了张居正本人生前所得到的太师头衔。尽管情况仍在进展，但是他仍想适可而止，以全始终。又过了一年，即1584๒年阳历五月，辽王的王妃控诉张居正生前出于个人恩怨，又为ฦ了攘夺府邸而蒙蔽圣聪，废黜辽王，理应籍没。这时万历觉得张居正竟敢侵犯皇室以自肥，实属罪无可逭，因此下决心同意了这一请求。
“要是大伴上殿吵闹争辩，又当如何应付？”
但是不论张居正如何精明干练，皇帝私生活中有一条他是永远无法干预的，这就是女色。皇宫里的几千名宫女都归皇帝一人私有，皇帝与她们中的任何一个发生关系都合理合法。作为法定的妻子，天子有皇后一人，经常有皇贵妃一人，还有数量更多的妃和嫔。有鉴于正德皇帝死而无后，朝廷内外都一致认为皇帝应该拥有许多妃嫔，以广子嗣。万历一天而册封九嫔，就得到过张居正的赞助。
张居正这一次的旅行，排场之浩大，气势之赫，当然都在锦衣卫人员的耳目之中。但锦
对问题发表公正的意见。这样就迫使整个朝廷卷入了这场争端，即使抗议失败，鼓动舆论，发扬士气，揭发纠举的目的已๐经达到。哪怕有少数人由此牺牲，也可以因为坚持了正义而流芳百世。
重要官员的任命，即人事大权，也是决不容许由á旁人代理的。作出这一类决定，总是先由á张居正和吏部ຖ提出几个人的候选名单，而由皇帝圈定其中之一。万历皇帝虽然年幼，他已
他既为皇帝，在他的世界里没有人和他平等。在两ä位皇太后之外，他所需要尊敬的人只有两个：一个是张居正张先生，另一个是“大伴”冯保。这种观念，不消说是皇太后那里。张、冯两人结合在一起，对今后的政治形势产生了相当深远的影响。这一点，自然也不是当时不满十岁的万历皇帝所能ม理解的。
张居正一案的余波，到此才完全结束。故太师的头衔既然被褫，家产也已没收，儿子进士翰林的名称又经一笔勾消，今后即再暴露他所培植的私人亦不能使皇帝激动，自此朝廷内的文官还要互相攻击，则必须另找新的题目来做文章，而不能ม再在张居正的骄奢无道或者窥窃神器上大加发挥了。
等到这一案完全结束之后，申时行才有机会平心静气地研究事情的真相。在所有反对他的人中，真正关心张居正的儿子如何进入翰林院以及皇帝陵墓风水好坏的恐怕很少，甚至借这个ฐ题目可以拥戴首辅以便自己้升官的也不能ม太多。应当注意的仍是张居正本身是一个ฐ令人感情激动的题目。只要一提起他的名字，就立刻引起很多人气愤，因此反对者不一定要费很大的气力，即可以利用各文官间对故太师的反感，排斥ม他所接近的人，如侍郎兼讲官高启愚、礼ึ部尚书徐学谟和申时行自己。
为什么张居正这样令人痛恨?原因在于他把所有的文官摆在他个人的严格监视之下，并且凭个人的标准加以升迁或贬黜，因此严重地威胁了他们的安全感。这些官员之间关系复杂，各有他们的后台老板以及提拔的后进。他们又无一不有千丝万缕的家族与社ุ会关系，因之得罪了一个人，就得罪了一批人；得罪了一批人，也就得罪了全国。这正如他同年王世贞所说，张居正一套偏激的办法，是和全国的读书人作对。
张居正又错误地使用了獬豸这一动物。监察官是征集舆论、平衡阴阳、在公益和私利中找到折衷的工具，元辅张先生却用它来推动自己้的政策。御史和给事中只检举对他不利的人物，不纠察他的行政，这种情况使他们与特务警察无异。因之张居正虽没有独裁é者的权位，却有了独裁者的神通。要不是在他执政之日没有这种普遍被压抑的恐惧和怨恨，以后的反张运动就不会引起这么เ多的同情，动员这么เ多的力量，产生这么เ多的枝节。