除了戒除自己的不良习气之外，曾国藩还开始尝试清除自己头脑中的不良想法和动机。这样的方式，也如同佛教中ณ的静坐和参禅。每到傍晚，曾国藩照例都要静坐一会，就像驱赶魔障一样，每天驱赶存在于自己思想中的黑色或者灰色的雾霭。这是一种清教徒似的自省方式。曾国藩就这样变成了一个非严格意义แ的禁欲主ว义者，一个某种程度上的自虐者。虽然这样的过程痛苦、乏味、机械、生硬，但他一直努力去做了，也坚持了下来。渐渐地，就如同佛教所阐述的"戒"、"定"、"慧"一样，这种理学的自修过程同样也有"ิ由戒生定"、"由定生慧"的过程，有一种清明让曾国藩感到เ澄澈和清爽。
现在，曾国藩开始真正地明白理学的真谛所在了。他觉得这种修身的过程有意义极了，也有意思极了。一个人以如此的方แ式深入自己，也了解自己、改变自己้，然后不断精进，最终达到一种精神和道德的合一。这种方式，也算是一种宗教情感吧，将人的有限智慧引入到无限的空间——宋明理学就是这样具有很多的宗教成分的，只不过，它一直没有确定一个ฐ反观的人格化神像，它是将人格化的神像转化为ฦ道德律了，
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以为ฦ道德是一种天生的纲常。这种做法本身，就带有强烈的宗教色彩。曾国藩就是在这样的学习与修身中，走了一条与宗教信仰类似的道路。
理学对于人格的修炼，使得曾国藩无论是在学问上、人格上，还是在处世方法上，都跃上了一个新的台阶。他再也不是一个ฐ简单的、只会读古书写古诗作古文的书生了。给人的印象是，进入中ณ年之后，曾国藩从一个循规蹈矩的学子变成了一个对于自己的思想体系有着强烈自信的人，他知道自己所走的，是一条滋养身心的道路。同时，曾国藩也变得越来越喜欢跟人探讨一切潜藏之ใ"理"ิ，他变得爱较真，爱认死理，并且遵循"ิ理"来行动。曾国藩确立了自己้的社ุ会责任感，也确立了自己的人生抱负。曾国藩在桐城派姚â鼐所提出的义理、考据、辞章三条传统的治学内容上，又增加了"ิ经济"。在曾国藩看来，这四种学问缺一不可，而且"ิ经济"更为重要。所谓"ิ经济"，就是经世济民的真正学问，就是学要有所用，对于社ุ会，要能ม派得上用场。这些经世济民的学问，才是真正实现"王道"的必要手段。曾国藩更清晰地明白"修身齐家治国平天下"的真正内涵，他变得更有责任，精力也更为专一集中，做事也变得更趋完美——在京城的十来年间，曾国藩每年都至少要寄一百五十两白银回家，有时候还不止这个数。他先后将弟弟曾国潢、曾国荃、曾国华带到เ身边读书，全力尽自己兄长的责任。在弟弟们回家应考期间，他经常写信让他们好好读书，争取功名。在曾国藩的言传身教之ใ下，弟弟曾国荃1848年科考一等，补廪膳生。与此同时，曾国藩并没有在职位上无所事事，他开始深入地调查、了解历朝历代的治乱ກ兴衰、典章文物、学术思想和经国治民之道与术，清醒地关注着鸦片战争以来日益窳败的社会现实。可以说，理学的钻研没有使曾国藩变得缥缈，相反，他变得更加脚踏实地，也变得更加智慧了。