二十六年八月，转至德国柏林，遍历诸地博物馆，誊摄被劫敦煌ä壁画ฑ、写卷。十二月，奔巴๒黎，研习法兰西国立图书馆斯氏所劫敦煌遗书。
时，达于欧陆诸馆，所闻诸卷，皆制卡片，抄誊为目录提要。手卷之编号、名称、长短、今存之ใ行数，悉以备录，又誊其初五行与末五行，以为ฦ备忘。于精美诸卷，摄制胶片以存档。又撰《伦敦的敦煌俗文学》、《伦敦所藏敦煌卷子经眼目录》诸文。积存遗卷菁华者，凡数百万字。二十七年，达荷之归国。任浙江大学、西南联合大学等教授，并兼北大文科研究所导师。
十七年正月，擢团长，隶周磐部。时，磐谋张其势，争鼎湘中。四月，磐军入镇平江，以剿共党。德怀感德昌言，秘与南华特委交。四月，特委遣张匡入德怀部，与交言，善。德怀遂入共党。十二月，特委又遣邓萍入团部辅之。组“秘密士兵会”，人心多附。月末，召随营军校之黄公略、贺国中、黄纯一等至，欲行兵暴。隐秘未发。时德怀部累็欠饷已逾十四月，士卒怒，遂鼓噪拒令。德怀纵之。磐闻，讶责曰：“石穿亦有此变乎！”对曰：“久不发饷，徒呼奈何。”磐乃付些许。事稍缓，磐遂疑ທ德怀有异图。
七月，共党令滕代远为特派员。抵平江会邓萍，面谕兵变意。翌日，南华特委诸人为磐部所擒，亡者奔公略所。公略乃冒磐名欲出之。事泄，公略๓率所部遁奔城南山谷中ณ。德怀巡营归，截得磐与副师长李慧根密电，令立捕公略、纯一、国中。二十日，德怀冒慧根名电告磐曰：“砥公师座，巧电å奉悉。三人已遵示逮捕，随校已令开来平江，请勿念。”夜，德怀与代远、萍密议。或曰：“公略早发，事已泄。磐等若起疑ທ，奈何？莫若早发。”德怀曰：“公略军，非吾麾下卒。磐等不知余谋。况事已๐至此，若早ຉ发，恐不就。依旧议行之。”众乃安，从之。二十二日，兵暴事起。寻，拔平江。越二日，张赤帜，徽图案以镰斧，号为红军第五军。举ะ德怀为军长。二十四日暮，立平江县苏维埃政府，胡筠为主席，杀擒虏者四十余人。二十九日，湘军大至，黄纯一死之。三十日夜，遁出平江。
是时，昭素慕元勋才，遂伸援。知劫将至，昭告某曰：“吾等或就汤火，惟愿不流血。”十月，初定昭罪为“中右”。昭之，自杀。人觉之，得免。校以某按验昭，屡逼问，令自述其罪。昂然曰：“昭无罪，何述之有？”遂定昭为“极右”，褫学籍，送燕园拘役。凡三岁。昭于囚所，书曰：“冤狱遍地，何缘由也？岂独昭耶？”又曰：“上书陈时弊，何罪之有？”诸如此类，不可胜记。
九年，校并入人民大学。羁押入数据室监禁。昭与张春元相善。与顾雁于上海编《星火》杂志。昭作《海鸥之ใ歌》并长诗《普罗米修斯受难之ใ日》，具刊其上。时，有同为“右派”者甘粹，遂互爱恋。或发之，遂遭谴。粹流新疆ຆ，姻ี约遂败。昭以羸弱，有内疾。时，刘少奇前妻王前亦莫名获罪，与昭同羁。前咯血，甚危。校长吴玉章与国彦、宪民有旧，遂书请宪民领ๆ昭、前等回沪养疾。将别，昭怅恨，寄诗于某师曰：“风雨同舟始相知，看记天涯同命时，今日握手成一笑，胸怀依然凌云志。”乃归家安养。
会跃进政荒，民生凋敝。昭屡出言以讽时弊，当局不悦。十年七月，彭公庐山蒙难。昭闻之，以为乾坤颠覆，痛彻切骨。遂编期刊曰《赤子之心》，针贬时弊。当局闻，愈不悦，阴为监控。后，于某所得南斯拉夫国情之书，遂以汇纂，上书京师。十一年十月二十四日，沪上当局遣人逮昭，羁押至所。翌月，国彦绝望，仰药自鸩，死之。
十三年，昭请保外就医,返苏州赡养。具言囹圄中百八十日之惨遇，语妹令范曰：“汝等日后必悔之，不得闻今世最酷烈之制ๆ度”。昭又致力书于北大校长陆平，曰：“吾为ฦ右派之一分子，必要以最后一息献给战斗。”又曰：“极权政治，残暴肮脏，不义也。反抗之人，必为正义光荣之战士。”又责曰：“吾闻蔡孑民先生主政北大时，为援落难学生，亲以奔走国府，如其子嗣然。今日燕园高官，置学子火海，良知何在，天理何存？”皆不报。后，昭与黄政会于苏州。政，亦为ฦ“右派”也。同草“中国自由青年战斗联盟计划。十三年九月，昭至上海淮海ร路，欲以《致北大校长陆平书》及其文数篇交外国侨民，未果。十一月，论昭以谋逆罪，收系提篮桥狱。
昭于狱中，上书《人民日报》者三。屡以血书、绝食抗议，高呼以口号。并记以《思想日记》、《牢狱之花》等凡百篇，又有《提篮桥之ใ黎明》、《与母书》等，奋笔以书，凡二十万言。后，狱卒觉之，尽收笔墨，缴其稿，送械上。昭乃切指，以血为墨做诗词以为咏怀。又取牙具，蘸血书其稿于褥单。狱卒唆同室女囚殴掐之ใ，虐以暴行，遍体皆伤痕。方时，卒窥其雅美清丽，屡欲奸之ใ。昭乃以针线紧缝内衣及褥裤。每欲出恭，必以刀剪之。是故衣衫皆褴褛ນ，不复往日之谨。如是者数年。
十六年五月三十一日，判徒二十年。昭在狱中，不堪凌辱。七月六日，记曰：“呜呼！哀哉！此是何世？！我是何人？！所怀何志？！所遇何事？！天哪，天哪，尚得谓有天理，谓有国法，谓有人情，谓有公道耶？！此衣是十五年八月间穿上，时正在桎梏下，又无纸笔，乃在背上血书＇天日何在＇四字，聊当窦娥自诔。八月下旬中某日，遭女监、众鸨婆榜ึ掠，两襟＇冤枉＇、＇死不甘心＇等字即受刑é时所写。在襟并前胸淋漓血迹，则是同年十一月十日，图穷匕现之日，誓死明志，以玻璃片割裂左腕脉ำ管所沾染。十六年五月卅一日quot;宣判quot;后，重到上海市监狱，六月十九日，初ม次接见至亲胞弟，见面之际，恍若隔世！自怜遭际，谁解苦心，前尘历历，永志弗忘！”
十九年四月，昭将就典刑。以血书告母云：“吾父尝曰：骗诱青年，利其纯真热情以行政治，残酷之甚也。政治，尔虞我诈，骗局也。昔日吾不信，今日悔悟，晚矣！”又曰：“吾今已近不惑之年，自不为ฦ人惑矣。惑人之术，吾不为也。历史将宣告余无罪也。”二十九日，昭为二暴卒捆缚，以车载至龙华机场。以物塞昭口，四卒曳昭出车。卒暴踢昭后，令以跪。一卒执手枪发弹击昭背，立仆，碧血飞溅。昭未气绝，强以坐起。卒乃以手枪发弹击昭颅ๅ，脑浆涂地，四卒遂拖尸归所。至是，昭暴死，年三十六。
翌日，有卒数人至昭家，请见昭母宪民及妹令范。曰：“犯逆林昭，已于昨日处决。”宪民闻言即仆厥。又曰：“今已๐毙昭，请偿子弹之费。”令范曰：“几何？”对曰：“五分。”令范强以镇静，安然曰：“可。”遂与之。及卒等去，急救母，良久乃苏。相拥号啕，失声长泣。
昭既死，不得其尸。令范遂起衣冠冢于苏州林岩山之安息公墓，以安其魂。
三十一年，昭案雪冤。
三十二年十二月，法院以昭精神恍惚，妄言无状，宣告昭无罪，尽撤旧日之诉。时昭已殁十三载，按如前言。
史臣曰：国自丁酉以来，出政多荒。五常殆尽，百怪斯呈。士子寒心，贤良闭户。天下须眉，闻风倒竖。昭一女子，言出由心，微云大义แ。观其义烈，几同秋瑾云。