申时行不是皇帝五个ฐ蒙师之ใ一，但他所担任的功课最多，任课时间也至久2。现在身为首辅，他仍然担负着规划皇帝就读和经筵的责任。因之皇帝总是称他为“先生”而不称为“卿”，而且很少有哪一个月忘记了对申ã先生钦赐礼物。这些礼物有时没有什么经济价值，而纯系出于关怀，诸如鲤鱼二尾、枇杷一篮、折扇一把、菖蒲数支之ใ类；但有些礼ึ物则含有金钱报酬的意义，例如白银数十两、彩缎若干匹3。不论属于哪一类，这都足以视为至高的荣誉，史官也必郑重其事，载于史册。
然而万历陛下的一朝，是本朝历时最长的一朝。此后还有很多的事情要在他当政的年代里发生，158๖7年不过刚刚是一个ฐ契机。这一年阳历七月，正当元辅张居正先生去世五周年，皇帝端坐深宫，往事又重新在心头涌ไ现。他降谕工ื部，要工部如实查报，张居正在京内的住宅没收归官以后作何区处：是卖掉了，还是租给别人了?如果租给别人，又是租给谁了?工部的答复没有见于记录。大约史官认为记载了这道上谕，已经可以表明皇帝当时微妙复杂的思绪，至于房屋或卖或租，对国家大事则无关紧要，就不必琐碎饾饤地加以记录了。
此书内容的可靠程度可以另作别论，但至少，它的出版在朝野都产生了极大的影响，成为最后处理张居正一案的强烈催化剂。在这以后，在万历皇帝对张先生回忆之中ณ，连勉强保留แ下来的一部分敬爱也化为乌有。他发现，他和他的母后曾误信张居正的所作所为是出于保障皇位的忠诚，而现在看来，张居正不过是出于卑鄙的动机而卖友求荣，纯粹是一个ฐ玩弄阴谋与权术的人。
从1582年的冬天到1้583年的春天的几个月之间，皇帝的情绪陷于紊乱。大学士张四维提议建造寿宫，即预筑皇帝ຓ的陵墓，以此来分散皇帝对张居正事件的不快。1583年春，适逢三年一度的会试。按照传统，皇帝ຓ以自己的名义亲自主ว持殿试，策文的题目长达五百字。他询问这些与试举人，为什么他越想励精图治，但后果却是官僚的更加腐化和法令的更加松懈?这原因，是在于他缺乏仁民爱物的精神，还是在于他的优柔寡断?毫无疑问，这样尖锐的试题，如果不是出于皇帝自己的指示，臣下是决不敢擅拟的。
这一场闹剧通过大伴冯保而为太后所知悉。太后以异常的悲痛责备自己้没有尽到对皇帝的督导教育，她脱去簪环，准备祭告祖庙，废掉这个失德之ใ君而代之以皇弟潞王。年轻的皇帝跪下恳请母后开恩。直至他跪了很久以后，太后才答应给他以自新的机会，并且吩咐他和张先生商量，订出切实的改过方案。
皇帝的行动如此坚决而且迅速，无疑大出于反张派的意料之外。皇帝ຓ紧接着又降下敕书，内称，参奏张居正的人假借忠孝之ใ名掩盖一个大逆不道的目的，即欺负朕躬年幼，妄图赶走辅弼，使朕躬孤立无援而得遂其私。此次给予杖责，不过是小示儆戒，如果有人胆敢继续顽抗，当然要给予更严厉的处罚。这样严肃的语气，等于为ฦ再敢以行动倒张的官员预定了叛逆罪，使人已无抗辩的余地。这一恐吓立即收到应有的效果。除了一名办事进士名叫邹元标的又继续上疏ຕ弹劾以外，没有别人再提起张居正的不忠不孝。事情就此结束。最低限度在今后五年之内不再有人参劾元辅，非议夺情。至于那个ฐ邹元标，由于奏章呈送在敕书传遍百官之前，因此加恩只予廷杖并充军贵州。此人在以后还要兴风作浪ฐ，这里暂时不表。
在万历并未与闻的情况下，翰林院的几十名官员请求吏部尚书张瀚和他们一起去到张居正的私邸向他当面提出劝告，想让张居正放弃伪装，离职丁忧。他们还认为，即使为张居正个ฐ人的前途着想，他也应当同意大家的意见居丧二十七个月，以挽回官员们对他失去的信心。但是劝说不得结果。张居正告诉他们，是皇帝的圣旨命令本人留在北京，你们要强迫本人离职，莫非是为了想加害于本人？
经过这种种争论，加上年事日长，每天攻读史书也可以从中借鉴前代的教训，万历皇帝终于逐渐理解了问题的症结。
在1578๖年大婚之前，万历和慈圣太后同住在乾清宫。太后对皇帝能ม否克尽厥职和勤奋学习均极为ฦ关怀，皇帝的其他行动也经常得到她的指导。至于冯保，当万历还是皇子的时候就是他的伴侣，提携捧抱，兢兢业业地细心照护，所以后来才被称为“大伴”。到这时候，冯保已๐经擢升为司礼ึ监太监，也就是宫内职位最高的宦官。他经常向慈圣太后报告宫内外、包括皇帝本人的各种情况，慈圣因此而能耳目灵通，万历却因此而渐生畏惧。慈圣太后教子极为严格，如果大伴作出对皇帝不利的报告，太后一怒之ใ下，皇帝就会受到长跪的处罚，有时
是属于不轻易授予的额外恩典了。
由于工作不能尽职或者奏事言辞不妥，触怒圣心，对几个ฐ官员作罚俸的处分，本来是极为平常的事。但这次处罚竟及于全部京官，实在是前所未有的严峻。本朝官俸微薄，京城中高级官员的豪华生活，决非区区法定的俸银所能维持。如各部尚书的官阶为正二品，全年的俸银只有一百五十二两。他们的收入主要依靠地方官的馈赠，各省的总督巡ำ抚所送的礼金或礼品，往往一次即可相当于十倍的年俸2。这种情况自然早在圣明的洞鉴之中，传旨罚俸，或许正是考虑到เ此辈并不赖官俸为生而以示薄惩。但对多数低级官员来说，被罚俸两ä月，就会感到เ拮据，甚至付不出必要的家庭开支了。
申时行是一个富有现实感的人，他懂得为臣之道。如果皇帝说他的问题在脚痒，首席大学士就一定要相信这问题在脚痒。更应该欣幸的是，皇帝陛下竟用了这么多的语句细诉他的困难，这就不失为可喜的现象。所以看来皇帝的病源不深，早朝和经筵不致耽搁太久。好在新า的讲官和展书官都已派定，只要皇帝能够出席，经筵可以立即继续举行。而且他还考虑，如果皇帝觉得早起困难，则不妨把早朝和经筵的时间稍稍推迟。这些问题都属于可以通融之列。
申ã时行之被任为ฦ首辅，似为一串意料之外的机缘所促成。
1582๐年张居正逝世之后，继任者为张四维。但是不出一年，第二位张阁老的父亲也不幸去世。当时自然不能再来一次“夺情”，张四维只能离职丁忧。在此离职期间，申ã时行代理首辅。但是张四维本人在居丧ç将要满期的时候又突然患病，而且一病不起。以前较申时行资深望重的大学士马自强和吕调阳也已病死，这样，命运就把资格最浅的大学士申时行推到了最前面。
1587年，申时行官居首辅已四年。他自称未老先衰，其实精力正旺。他的父母去世多年，所以没有丁忧的顾虑。他为人温和谦让，没有几位前任那ว种趾高气扬的姿态。王世贞所作《内阁首辅传》称他“蕴藉不立崖异”，就是说他胸中富有积蓄，但是不近悬崖，不树异帜。这一评价在恭维之ใ中寓有轻视的意味。而申时行的温和谦让，却也始终没有能使他能在政治风浪之中ณ置身事外。他以后被卷入争端，进退维谷，直到提出解呈十一次之多，才能ม奉准退休。
申时行由张居正的推荐而入阁，表面看来，这一点对他关碍不深，因为1้582年前后，在中ณ枢出任要职的几乎全部为ฦ张居正的私人。申时行和张四维不同，他以才干取得张居正的信任，而不是以谄媚见用。在张居正死后，他承认张居正的过错，但并不借此夸大前任的过失，作为自己执政的资本。其间差异既为ฦ同僚所深知，也为皇帝所了解。
申时行和其他绝大多数的大学士一样，出身于政府中ณ执掌教育和文墨的部ຖ门。1562๐年，他在二百九十九名殿试及第的进士中ณ名列第一，即得中状元，并按例授翰林院修撰。此后他在翰林院任职达十五年，官至侍读，并升转兵部ຖ及礼部ຖ侍郎，在职仅七个月，即被命为大学士。他和张居正、高拱一样，未曾就任北京以外的官职。