万历并不只是对皇后没有兴趣，他对其他妃嫔也同样没有兴趣。在他生活中占有重要地位的女人还要在几年之ใ后才与他邂逅相遇。这时，他感到เ空虚和烦躁。宫廷固然伟大，但是单调。即使有宫室的画栋雕梁和其他豪华装饰，紫禁城也无非是同一模式的再三再四的重复。每至一定的节令，成百成千的宦官宫女，把身上的皮裘换成绸缎，又换成轻纱；又按照时间表把花卉从暖房中取出，或者是把落叶打扫，御沟疏通，这一切都不能改变精神世界中的空虚和寂寞。在按着固定节奏流逝的时光之中，既缺乏动人心魄的事件，也缺乏令人企羡的奇遇。这种冷酷的气氛笼罩一切，即使贵为天子，也很难有所改变。
张居正既被参奏，就按照惯例停止一切公私往来，在家静候处置。但是暗中的活动并没有停止，他的意图会及时传达到冯保和代理阁务的二辅那ว里。个ฐ中详情，当然没有人可以确切叙述。我们所能知道的就是严厉的朱笔御批，参张的官员一律受到เ严惩。他们的罪名不在于触犯首辅而在于藐视皇帝。
15๓77年秋天，朝廷上又发生了一起严重的事件。大学士张居正的父亲在湖广江陵去世，按规定，张居正应当停职，回原籍守制，以符合“四书”中所说的父母三年之ใ丧这一原则。张居正照例报告丁忧，这使得万历大为ฦ不安。皇帝当时虽然已经十五岁，但是国家大事和御前教育仍然需要元辅的不可缺少的襄助。再说过去由于地位重要而不能离职的官员，由皇帝指令“夺情”而不丁忧守制ๆ，也不是没有先例。于是皇帝ຓ在和两位皇太后商量之后，决定照此先例慰留张先生。在大伴冯保的协助之ใ下，皇帝以半恳请半命令的语气要求张先生在职居丧。张居正出于孝思，继续提出第二次和第三次申请，但都没有被批准。最后一次的批示上，皇帝还说明慰留张先生是出于太后的懿旨ຈ。这些文书从文渊阁到宫内来回传递，距离不过一千米内外，但是有意思的是，不论是奏章或者朱批还都要送到午门的六科廊房发抄，使大小官员得以阅读，了解事情的全部真相。
本朝这种以阁臣代行相职的制度，来源于开国之ใ君为了巩固政权而做出的苦心设计，目的是使皇权不被分割，也不致为旁人取代。这种皇帝个人高度集权的制ๆ度在有明一代贯彻始终。从理论上讲，皇帝的大权不应旁落，但这种理论并不总是能和实际相一致的。万历皇帝九岁临朝，又如何能指望他乾纲独断，对国家大事亲自来做出决定多年之后，万历皇帝回顾当时的情形，也会清楚地记得他不过是把大伴冯保的指示ิ告诉元辅张先生，又把元辅张先生的票拟按照大伴冯保的建议写成朱批。对于年幼的万历皇帝，张、冯两人都不可或缺。但在他冲龄之际，自然也决不可能预见到内阁大学士和司礼太监的密切合作，会给今后的朝政带来多么严重的后果。
万历当然不会同意张先生的请求。他向张先生和大伴冯保表示，奏事的人必须受到惩处。张居正于是面奏说，任何人替陛下做事，都免不了作威作福。因为ฦ误事的官员必须降黜，尽职的官员必须提升，所以不是威就是福。二者之外，难道还有其他?张居正的慷慨陈辞和冯保的支持加强了皇帝ຓ的决心。他于是决定，第一个攻击张居正的官员褫夺官阶，降为庶人。第二个攻击者已经明知朕意，仍然执迷倔强，即是蔑视君上，应该押至午门外，脱去袍服，受廷杖一百下。廷杖是本朝处罚文臣的标准刑具，很多人在受刑时被立毙杖下，幸而得存者也在臀部留下了永久ื性的伤痕。
万历皇帝学习的地方是文华殿。1572年秋天以后，他每天的功课有三项内容：经书、书法、历史。学习完经书以后，授课老师可以到休息室小憩，但皇帝本人却并不能那么เ清闲。这时候就出现了大伴冯保和其他宦官，他们把当天臣僚上奏的本章进呈御览。这些本章已经由各位大学士看过，用墨笔作了“票拟”。在冯保和其他宦官的协助下，皇帝用朱笔作出批示。
在参加早朝之ใ前，凡有资格参加的所有京官和北京地区的地方官，在天色未明之际就要在宫门前守候。宫门在钟鼓声中徐徐打开，百官进入宫门，在殿前广场整队，文官位东面西，武官位西面东。负责纠察的御史开始点名，并且记下咳嗽、吐痰等以至牙笏坠地、步履不稳重等等属于“失仪”范围的官员姓名，听候参处。一切就绪以后，皇帝ຓ驾到，鸣鞭，百官在赞礼官的口令下转身，向皇帝叩头如仪。鸿胪寺官员高唱退休及派赴各省任职的官员姓名，被唱到的人又另行对皇帝ຓ行礼谢恩。然后四品以上的官员鱼贯进入大殿，各有关部门的负责官员向皇帝报告政务并请求指示，皇帝则提出问题或作必要的答复。这一套早ຉ朝节目在日出时开始，而在日出不久之后结束，每天如此，极少例外10。
也就是在此之ใ前不久，万历册封他的爱妃郑氏为皇贵妃，并预先公布礼ึ仪以便各有关衙门作必要的准备。消息传来，就有一位给事中ณ上疏提出异议，其理由为：按照伦理和习惯，这种尊荣应该首先授予皇长子的母亲恭妃王氏，德妃郑氏仅为皇三子的母亲，后来居上，实在是本末颠倒。这一异议虽然引起万历的一时不快，但册封典礼ึ仍按原计划进行7๕。谁也没有想到，这一小小的插曲，竟是一场影响深远的政治斗争的契机，导致了今后数十年皇帝与臣僚的对立，而且涉及到了整个帝国。
对于这一颇带戏剧性的事件，万历皇帝本来大可付诸一笑。但一经考虑到此事有损朝廷体统，他就决定不能等闲视之。就在官员们交谈议论之际，一道圣旨已由执掌文书的宦官传到内阁，大意是：今日午间之事，实与礼部及鸿胪寺职责攸关。礼部ຖ掌拟具仪注，鸿胪寺掌领督演习。该二衙门明知午朝大典已经多年未曾举行，决无在仪注未备之ใ时，仓猝传唤百官之ใ理。是以其他衙门既已以讹传误，该二衙门自当立即阻止。既ຂ未阻止，即系玩忽职守，着从尚书、寺卿以下官员各罚俸两月，并仍须查明究系何人首先讹传具奏。
于是依计而行，下诏宣布冯保有十二大罪，欺君蠹国，本应判处极刑，姑念尚有微功，从宽发往南京闲住。这位大伴从此终身被软禁于南京孝陵，死后也葬在孝陵附近。他的财产全部被没收。从法律观念上来说，皇帝拥有天下的一切，私人之所以得以拥有财产，这是出于皇帝的恩典和赏赐。皇家的恩典在冯保身上一经撤去，抄家即为应有的文章，无须ี多作解释。没收所得的财产，虽然不能像别人所说的那样骇人听闻，但也极为可观。万历皇帝对此既喜且怒：当时皇弟潞王成婚在即，这批珠玉珍异正好用得其所；而一个ฐ宦官居然拥有如许家财，可见天子的大权旁落到了什么เ程度!
依此类推，还应该没收张居正的财产，因为ฦ他比冯保罪恶更大而且更富。但是万历一时下不了这个ฐ决心。一提到เ张居正，各种复杂的记忆就会在他的心头涌集。所以，在冯保被摈斥ม后，有一位御史继续上本参奏张居正十四大罪，皇帝用朱批回答说，张居正蔽主殃民，殊负恩眷，但是“侍朕冲龄，有十年辅理之功，今已殁，姑贷不究，以全始终”。
然而在两年之后，即1584年，万历就改变态度而籍没了张居正的家。这一改变的因素可能有二，其一为郑氏的作用，其二为ฦ慈圣太后的干预。郑氏在1้583年由淑嫔升为德妃，1584年又进为ฦ贵妃，这几年间已经成为皇帝ຓ生活中ณ的重心。在朝臣的心目中，她不是一个安分守己的妇女，万历的种种重大措施，很难说她未曾与闻，因为对皇帝，在当时没有人比她有更大的影响。也许正是在她的影响之下，皇帝的心肠才陡然变硬。至于慈圣太后家族和张居正之间的嫌隙，已如上文所述。张居正在世之日，武清伯自己้曾被申ã饬，受到监视，对自己的言行不得不十分谨慎检点。等到张居正一死，情况就急转直下。三个月之后，武清伯被提升为武清侯，整个朝廷的倾向，由于对张居正的怨毒而转到了对他有利的方面。他如何利用这种有利的形势而向慈圣示意，这同样也非外人所能获悉。
在上述两个ฐ因素之外，高拱遗著的出现，在彻底解决张居正问题中ณ起了重要的作用。高拱生前，曾经暗中和李伟结纳，希望通过李伟向皇室婉转陈辞，说明加在他身上的罪状属于“莫须有”，全系张、冯两人所构陷。当时李伟自身难保，高拱这一愿望因此无由实现。现在张居正已经死后倒台，但皇帝ຓ还没有下绝情辣手，这时高拱的遗著《病榻遗言》就及时地刊刻问世。书中历数张、冯的罪恶而为自己洗刷，主要有两大问题。
第一，高拱坚持他在隆庆皇帝ຓ驾崩以前就已๐看出了冯保的不端并决意把他摈斥。冯保一贯卖官鬻爵，但最为不可忍受的是，当1572年皇太子接见百官时，他竟利用扶持之便，站在宝座旁边不肯退走。百官向皇太子叩头行礼，也等于向阉人冯保叩头行礼。这种做法充分暴露了他的狼子野心。书中接着说，当著者摈斥冯保的行动尚未具体化之ใ前，冯保抢先下了毒手，和张居正同谋，骗得了皇太后的懿旨，把自己逐出朝廷。著者承认，他当时确实说过皇上只有九岁，但并没有任何不敬的话，而只是说新皇帝年轻，怕为ฦ宦官所误，有如正德皇帝
十四岁登极后的情况一样。张、冯二人却把他的话故意歪曲，以此作为诬陷的根据。
第二，即所谓王大臣的案件。1573๑年阳历二月二十日，也就是万历登极、高拱被逐以后半年，当日清晨有一个人乔装ณ宦官在宫门前为卫士拘留。经讯问，此人供称名王大臣，以前在别人家里充当仆役，现在没有雇主。这种闲杂分子在禁卫森严的宫门口出现而被拘留询问，过去也不止一起地发生过，但这个ฐ王大臣究竟目的何在，则始终没有弄清楚。