上述情况表明，张居正在人事任免中起着实际上的决定作用，这就理所当然地招致了不满。在万历十二岁的那ว一年，他几次接到弹劾张居正的本章。有人说张居正擅作威福，升降官员不是以国家的利益为前提而是出于个人的好恶。有人更为尖锐，竟直说皇帝本人应对这种情况负责，说他御宇三年，听信阿谀之臣，为其蒙蔽，对尽忠办事的人只有苛求而没有优待，这不是以恕道待人，长此以往，必将导致天意的不再保佑。
万历和他的两位母亲对张居正有特殊的尊重，并称之为“元辅张先生”，其原因说来话长。在隆庆皇帝去世的时候，高拱是当时的“首揆”，即首席内阁大学士。高拱自以为ฦ是先皇的元老重臣，不把新皇帝放在眼里。新皇帝有事派人询问高拱的意见，他竟敢肆无忌惮地对使者说：“你自称奉了圣旨，我说这是一个不满十岁的小孩的话。你难道能让我相信他真能管理天下大事吗?”在他的眼里，天子不过是小孩子，太后不过是妇道人家，这种狂妄跋扈是和人臣的身分决不能相容的。幸而上天保祐，还有忠臣张居正在，他立即献上奇计，建议采取断然措施解决高拱。157๕2年夏，有一天百官奉召在宫门前集合。一个宦官手执黄纸文书，这是两位太后的懿旨，也是新皇帝的圣旨。黄纸文书一经宣读完毕，跪在前列ต的高拱不禁神色大变。他已๐经被褫去官衔职位，并被勒令即日出京，遣返原籍。按照惯例，他从此就在原籍地方官的监视之ใ下，终身不得离境。张居正在艰危之际保障了皇室的安全，建立了如此的殊勋，其取高拱而代之自属理所当然。
皇帝是全国臣民无上权威的象征，他的许多行动也带有象征性，每年在先农坛附近举行“亲耕”就是一个代表性的事例9。这一事例如同演戏，在“亲耕”之前，官方在教坊司中ณ选取优伶扮演风雷云雨各神，并召集大兴、宛平两县的农民约二百人作为群众演员。这幕戏开场时有官员二人牵牛，耆老二人扶犁，其他被指定的农民则携带各种农具，包括粪箕净桶，作务农之状，又有优伶扮为村男村妇，高唱太平歌。至于皇帝ຓ本人当然不会使用一般的农具。他所使用的犁雕有行龙，全部漆金。他左手执鞭，右手持犁，在两名耆老的搀扶下在田里步行三次，就完成了亲耕的任务。耕毕后，他安坐在帐幕下观看以户部尚书为ฦ首的各官如法炮制。顺天府尹是北京的最高地方แ长官，他的任务则是播种。播种覆土完毕，教坊司的优伶立即向皇帝进献五谷，表示陛下的一番๘辛劳已๐经收到卓越的效果，以致五谷丰登。此时，百官就向他山呼万岁，致以热烈祝贺。
在同样庄严的仪式下，万历皇帝授予他的兄弟叔侄辈中的一些人以“王”的称号，封他们的妻子为“王妃”，批准他们子女的婚姻。而最隆重的仪式，却是把“仁圣皇太后”的尊号上赠给他的嫡母隆庆的皇后陈氏，把“慈圣皇太后”的尊号上赠给他的生母隆庆的皇贵妃李氏。
站在大明门前守卫的禁卫军，事先也没有接到有关的命令，但看到大批盛装的官员来临，也就以为ฦ确系举ะ行大典，因而未加询问。进大明门即为皇城。文武百官看到端门午门之前气氛平静，城楼上下也无朝会的迹象，既无几案，站队点名的御史和御前侍卫“大汉将军”也不见踪影，不免心中揣测，互相询问：所谓午朝是否讹传?
一般人往往以为ฦ明代的宦官不过是宫中的普通贱役，干预政治只是由于后期皇帝的昏庸造成的反常现象，这是一种误解。诚然，有不少宦官出自贫家，因为生活困难或秉性无赖而自宫，进入内廷。但如果把所有的宦官统统看成无能之辈，不过以阿谀见宠，因宠弄权，则不符事实。从创业之君洪武皇帝开始，就让宦官参预政治，经常派遣他们作为自己的代表到外国诏谕其国王，派遣宦官到国内各地考察税收的事情也屡见不鲜ຒ。中叶以后，宦官作为皇帝的私人秘书已经是不可避免的趋势。皇帝每天需要阅读几十件奏章，这些奏章文字冗长，其中所谈的问题又总是使用儒家的传统观念和语言来加以表达，很不容易弄清其中ณ问题的主次和它的真正含义，更不用说还夹杂了极多的专门名词和人名地名。所以皇帝必须ี委派五六名司礼监中的太监作为ฦ“秉笔太监”，由他们仔细研究各种题本奏本，向自己作扼要的口头汇报。秉笔太监阅读研究这些奏章需要付出很大的耐心和花费很多的时间，他们轮流值班，有时要看到เ夜半，才能第二天在御前对奏章的内容作出准确的解释。经过他们的解释，皇帝对大多数的奏章就只需抽看其中的重要段落、注意人名地名就足够了。皇帝阅读过的奏章，通常都要送到เ文渊阁由内阁大学士票拟批答。从道理上说，皇帝可以把大学士的票拟全部ຖ推翻而自拟批答。但这并不是常见的现象，因为这种做法表示ิ了他对大学士的不信任，后者在众目睽睽之下会被迫辞职。按本朝的传统原则，为ฦ了保持政局的稳定，如果没有特殊事故，大学士决不轻易撤调，所以上述情况是必须尽量加以避免的。一个精明的皇帝能够做到让大学士的票拟永远体现自己的意图而不发生争执，这种微妙的关系又少不了秉笔太监的从中协调。