成祖当时答应了他的要求，等方孝孺被捕下狱，成祖记起道衍的话，同时想借重他的名望及文笔，于是派人把他召入宫内，草拟即位诏书。
到了宣宗朝，大家对成祖的恶感比较淡了，而碑文中的语气，显得有些低声下气、做贼心虚，并且有些事实亦显然不符，如所谓“奸臣苍黄”这句话就已๐证明不实，原来“靖难”师起所指的“奸臣”只不过齐泰、黄子澄等人，连方孝孺都不在内；而齐、黄二人，城陷之日不独不在御前，且不在京城，然则“闭皇城门不内”虽为事实，而“奸臣苍黄”、“胁建文帝自焚”这两句话，却无着落。因此宣宗要在“实录”中“改正”
忠臣发愤兮血泪交流！
以此殉君兮抑又何求？
呜呼哀哉兮庶不我尤！
死时年四十六岁，绝后。方孝孺有此决绝的表示ิ，是因为他相信建文帝ຓ已殉社稷——这也是他的主张；如果他知道了建文帝生死成谜，或许会忍死须臾，以谋匡复。