《本草纲目》改进了中国传统的分类方法，格式比较统一，叙述也比较科学和ing密，例如：把广义แ的“虫”药扩充到1้06๔种，其中昆虫药为ฦ73๑种，分为ฦ“卵生”、“化生”和“湿生”三类。对动物和植物的分类学的展具有很大意义。
《本草纲目》纠正了前人的许多错误之处，如南星与虎掌，本来是同一种药物，过去却误认为两种药物；以前葳蕤、女萎认为是同药，李氏经过鉴别则确认为ฦ两种；苏颂在《图经本草》将天花、括楼分为ฦ两ä处，其实是同一种植物；前人误认“马ing入地变为锁阳”、“草子可以变鱼”，一一予以纠正之。并且在本书中ณ还加入了许多新的药物。对某些药物的疗效，李时珍还通过自己的经验作了进一步的描述。本书还载叙了大量宝贵的医学资料，除去大量附方、验方及治验病案外，还有一些有用的医学史料。
本书不仅是一部药物学著作，还是一部具有世界xing影响的博物学著作，书中ณ涉แ及的内容极为广泛，在生物、化学、天文、地理、地质、采矿乃ี至于历史方แ面都有一定的贡献。
《本草纲目》乃是一部集十六世纪以前中国本草学大成的著作，书中所收集的资料广博，“上至坟典，下至传奇，凡有相关，靡不收集”，因此书中不免有些内容与现代的认识不符，甚至有些可能具有迷信的sè彩，例如，铅粉辛寒无毒，现代则认为有剧毒的；又如其中人部收录的孝子衣帽、寡妇床头灰、草鞋、男治蛇咬、女治“五淋、yin阳易病”、人魄人吊死后的魂魄镇惊吓、人肉疗羸瘵割股疗亲、人中黄人粪治呕血、梁上尘治昏厥等皆可入药。这部分李时珍大多引用《辍耕录》、《本草拾遗》的说法，采以姑妄信之“凡经人用者，皆不可遗”的态度。另外李时珍并驳斥陈藏器的《本草拾遗》，认为吃人肉疗羸瘵是错误的。不过也正由于巨细靡遗的收录，使得一些已散佚的古代医书及本草借由纲目而保存下来。
徐广琛记忆中的一些《本草纲目》中明显的错误有：1、小便不通，数而微肿：用陈久笔头一枚烧灰，水服。别国人不用毛笔，可出口破毛笔赚取外汇。2、心痛不止：败笔头三个烧灰，无根水服，立效。普及书法艺术，否则ท败笔不够。3、难产催生：用败笔头一枚烧灰研，生藕汁一盏调下，立产。关闭妇产医院和妇产科。4、小儿症瘕：老鼠肉煮ุ汁，作粥食之。染上鼠疫更可怕，就这样治未病？5、三十年耳聋：酒三升，渍牡荆子一升，七ri去滓，任xing饮之ใ这个ฐ很好验证嘛，也不试试就写出来，不负责任。显然是胡乱抄来的。6、小儿胎毒：初生时，以韭汁少许灌之ใ，即吐出恶水恶血，永无诸疾。这个也没试过吧，哪个婴儿会吐出恶水恶血？永无诸疾也太夸张了，胡吹，江湖气甚浓。7、牙齿虫：韭菜连根洗捣，同人家地板上泥和，敷痛处腮上，以纸盖住。一时取下，有细虫在泥上，可除根。细虫是江湖医生的魔术把戏，莫非李时珍是走江湖的？8、自缢垂死：葱心刺๐耳，鼻中ณ有血出，即苏。这个ฐ就太雷人了，建议120่配备大葱。9๗、消渴不止：冬瓜一枚削皮，埋湿地中，一月取出，破开取清水ri饮之。或烧熟ງ绞汁饮之。买个冬瓜试试，埋一个月会怎么เ样？1้0、小儿客忤，因见生人所致：取来人囟上十茎、断ษ儿衣带少许，合烧研末。和ru饮儿，即逾。很有创น意嘛，来人是个ฐ和尚怎么办？11้、鼻血不止：血余，乱烧灰吹之，立止，永不。男用母，女用父。神奇，后妈后爹行不？12、天行劳复：含头垢枣核大一枚，良。恶心，要吐了！13、一切目疾：耳塞耳垢晒干。每以粟许，夜夜点之。怎么เ想出来的？14๒、小儿腹胀：父母指爪甲â烧灰，敷ru上饮之。可怜天下父母心。15๓、妊娠尿血：取夫爪甲烧灰，酒服明白什么是yin阳了吧。16、物入目中ณ：左手爪甲â，刀刮ุ屑末，灯草蘸点翳上，三次即出也。指甲â倒也罢了，左手很诡异。17、噎ດ膈反胃，诸药不效：真阿魏一钱，野外干人屎三钱，为ฦ末。五更以姜ä片蘸食，能起死人。起死回生人屎丹，卖个好价钱吧18๖、五sè丹毒：黄龙人屎汤饮二合，并涂之，良。最给力的方子，无语了。还有3๑0多个人屎入药的妙方，不忍再叙。1้9、热病咽痛：童便三合，含之即止。即止！建议中医骗都用这招，免得被质疑疗效。2๐0、消เ渴重者：众人溺坑中水，取一盏服之。勿令病患知，三度瘥。须多建公共厕所。21、猝然腹痛：令人骑其腹，溺脐中。敢给我开这方子，直接就把中ณ医骗扔粪坑里。22๐、金疮血出不止：饮人尿五升。五升？海量，肯定喝高。23๑、子死腹中：以夫尿二升，煮ุ沸饮之。又是yin阳，窑姐子死腹中喝谁的尿？2๐4、走马牙疳：用妇人尿桶中ณ白垢火一钱，铜绿三分，麝香一分，和匀贴之ใ，尤有神效。大力推广此方แ，储备些尿桶准备财。25๓、热病劳复：丈夫热病瘥后，交接复，忽卵缩入肠，肠痛yu死。烧女人月经赤衣为末，熟水服方寸匕，即定。何不让同仁堂依此方制成大力丸？2๐6、令妇不妒：取妇人月水布裹蛤蟆，于厕前一尺，入地五寸埋之。该妇从次
此不妒？天人感应了还是跳大神？27๕、金疮内漏：取疮内所出血，以水和，服